Consoli Sergio commited on
Commit
73934f2
·
1 Parent(s): c20b811

added ARO for antimicrobiotical resistance AMR

Browse files
Files changed (3) hide show
  1. app-demo-myMultiNER.py +5 -5
  2. nerBio.py +2 -2
  3. virtuosoQueryRest.py +1 -1
app-demo-myMultiNER.py CHANGED
@@ -1,10 +1,10 @@
1
  import os
2
 
3
- os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "1,6" # to use the GPUs 3,4 only
4
 
5
- os.environ["HF_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
6
- os.environ["HUGGINGFACE_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
7
- os.environ["HF_HOME"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
8
 
9
  from transformers import file_utils
10
  print(file_utils.default_cache_path)
@@ -87,7 +87,7 @@ POSSIBLE_KGchoices_List = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIR
87
  "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
88
  "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
89
  "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
90
- "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
91
 
92
 
93
  modelGliner=None
 
1
  import os
2
 
3
+ #os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "1,6" # to use the GPUs 3,4 only
4
 
5
+ #os.environ["HF_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
6
+ #os.environ["HUGGINGFACE_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
7
+ #os.environ["HF_HOME"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
8
 
9
  from transformers import file_utils
10
  print(file_utils.default_cache_path)
 
87
  "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
88
  "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
89
  "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
90
+ "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
91
 
92
 
93
  modelGliner=None
nerBio.py CHANGED
@@ -89,9 +89,9 @@ POSSIBLE_KGchoices_List = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIR
89
  "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
90
  "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
91
  "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
92
- "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
93
 
94
- ONLY_Ontologies_OnBIOPORTAL = ["AI", "AIO", "AEO", "BCGO", "BFO", "BIM", "CHEBI", "CHIRO", "CL", "DCM", "DOID", "FMA", "FOODON", "GENO", "GML", "GO", "GEOSPARQL", "HL7", "HP", "HP_O", "IAO", "ICD10", "IDO", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCBITAXON", "NCIT", "NIFCELL", "NIFSTD", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "PLOSTHES", "RADLEX", "OBOREL", "SNOMEDCT", "SO", "STATO", "STY", "SYMP", "PTRANS", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS"]
95
 
96
 
97
 
 
89
  "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
90
  "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
91
  "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
92
+ "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
93
 
94
+ ONLY_Ontologies_OnBIOPORTAL = ["AI", "AIO", "AEO", "BCGO", "BFO", "BIM", "CHEBI", "CHIRO", "CL", "DCM", "DOID", "FMA", "FOODON", "GENO", "GML", "GO", "GEOSPARQL", "HL7", "HP", "HP_O", "IAO", "ICD10", "IDO", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCBITAXON", "NCIT", "NIFCELL", "NIFSTD", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "PLOSTHES", "RADLEX", "OBOREL", "SNOMEDCT", "SO", "STATO", "STY", "SYMP", "PTRANS", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "ARO"]
95
 
96
 
97
 
virtuosoQueryRest.py CHANGED
@@ -153,7 +153,7 @@ if __name__ == '__main__':
153
  "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
154
  "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
155
  "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
156
- "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
157
 
158
  # Construct the FROM clauses
159
  from_clauses = ' '.join([f"FROM <{choice}>" for choice in choices])
 
153
  "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
154
  "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
155
  "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
156
+ "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
157
 
158
  # Construct the FROM clauses
159
  from_clauses = ' '.join([f"FROM <{choice}>" for choice in choices])