Spaces:
Running
Running
Consoli Sergio
commited on
Commit
·
73934f2
1
Parent(s):
c20b811
added ARO for antimicrobiotical resistance AMR
Browse files- app-demo-myMultiNER.py +5 -5
- nerBio.py +2 -2
- virtuosoQueryRest.py +1 -1
app-demo-myMultiNER.py
CHANGED
@@ -1,10 +1,10 @@
|
|
1 |
import os
|
2 |
|
3 |
-
os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "1,6" # to use the GPUs 3,4 only
|
4 |
|
5 |
-
os.environ["HF_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
|
6 |
-
os.environ["HUGGINGFACE_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
|
7 |
-
os.environ["HF_HOME"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
|
8 |
|
9 |
from transformers import file_utils
|
10 |
print(file_utils.default_cache_path)
|
@@ -87,7 +87,7 @@ POSSIBLE_KGchoices_List = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIR
|
|
87 |
"GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
|
88 |
"MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
|
89 |
"OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
|
90 |
-
"SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
|
91 |
|
92 |
|
93 |
modelGliner=None
|
|
|
1 |
import os
|
2 |
|
3 |
+
#os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "1,6" # to use the GPUs 3,4 only
|
4 |
|
5 |
+
#os.environ["HF_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
|
6 |
+
#os.environ["HUGGINGFACE_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
|
7 |
+
#os.environ["HF_HOME"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
|
8 |
|
9 |
from transformers import file_utils
|
10 |
print(file_utils.default_cache_path)
|
|
|
87 |
"GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
|
88 |
"MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
|
89 |
"OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
|
90 |
+
"SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
|
91 |
|
92 |
|
93 |
modelGliner=None
|
nerBio.py
CHANGED
@@ -89,9 +89,9 @@ POSSIBLE_KGchoices_List = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIR
|
|
89 |
"GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
|
90 |
"MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
|
91 |
"OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
|
92 |
-
"SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
|
93 |
|
94 |
-
ONLY_Ontologies_OnBIOPORTAL = ["AI", "AIO", "AEO", "BCGO", "BFO", "BIM", "CHEBI", "CHIRO", "CL", "DCM", "DOID", "FMA", "FOODON", "GENO", "GML", "GO", "GEOSPARQL", "HL7", "HP", "HP_O", "IAO", "ICD10", "IDO", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCBITAXON", "NCIT", "NIFCELL", "NIFSTD", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "PLOSTHES", "RADLEX", "OBOREL", "SNOMEDCT", "SO", "STATO", "STY", "SYMP", "PTRANS", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS"]
|
95 |
|
96 |
|
97 |
|
|
|
89 |
"GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
|
90 |
"MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
|
91 |
"OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
|
92 |
+
"SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
|
93 |
|
94 |
+
ONLY_Ontologies_OnBIOPORTAL = ["AI", "AIO", "AEO", "BCGO", "BFO", "BIM", "CHEBI", "CHIRO", "CL", "DCM", "DOID", "FMA", "FOODON", "GENO", "GML", "GO", "GEOSPARQL", "HL7", "HP", "HP_O", "IAO", "ICD10", "IDO", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCBITAXON", "NCIT", "NIFCELL", "NIFSTD", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "PLOSTHES", "RADLEX", "OBOREL", "SNOMEDCT", "SO", "STATO", "STY", "SYMP", "PTRANS", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "ARO"]
|
95 |
|
96 |
|
97 |
|
virtuosoQueryRest.py
CHANGED
@@ -153,7 +153,7 @@ if __name__ == '__main__':
|
|
153 |
"GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
|
154 |
"MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
|
155 |
"OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
|
156 |
-
"SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
|
157 |
|
158 |
# Construct the FROM clauses
|
159 |
from_clauses = ' '.join([f"FROM <{choice}>" for choice in choices])
|
|
|
153 |
"GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
|
154 |
"MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
|
155 |
"OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
|
156 |
+
"SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
|
157 |
|
158 |
# Construct the FROM clauses
|
159 |
from_clauses = ' '.join([f"FROM <{choice}>" for choice in choices])
|